모닝 애프터는 이른 아침, 한 남자가 낯선 여성을 침대 옆에서 발견하며 시작된다. 그는 어젯밤의 기억을 되짚어보려 하지만, 그의 삶이 뒤엉켜가는 가운데 그 여성이 누구인지, 왜 그곳에 있는지를 궁금해하게 된다. 두 사람은 점차 서로의 비밀과 상처를 공유하며 복잡한 로맨스와 불확실한 미래에 직면하게 된다. 그 과정에서 과거의 트라우마와 현재의 갈등이 얽혀 가며, 진정한 사랑과 자아 발견의 여정을 이어간다.