엑스파일 시즌 9에서는 FBI 요원 폭스 멀더와 다나 스컬리의 이야기가 이어지며, 진실을 추구하는 그들의 여정 속에서 외계 생명체, 음모론, 그리고 인간의 본성에 대한 깊은 탐구를 다룬다. 멀더가 실종되고 스컬리는 새로운 파트너인 잭과 함께 사건들을 해결하며, 두 주인공의 관계와 그들의 과거가 다시 나열된다. 시즌 내내 불확실한 미래와 음모들이 드러나고, 인류의 운명을 쥐고 있는 진실이 밝혀지는 과정을 통해 두 사람의 믿음과 사랑이 시험받는다.