인류가 산업화의 폐해로 오염된 환경 속에서, 고질라가 다시 나타난다. 한편, 헤도라라는 정체불명의 괴물이 나타나고, 이로 인해 대기와 해양이 더욱 오염된다. 고질라는 헤도라와 맞서 싸우며, 도시를 지키고 환경을 회복하려는 싸움을 벌인다. 결국, 두 괴물 간의 치열한 전투가 펼쳐지고 인류의 미래가 걸린 결정적인 순간들이 반복된다. 고질라는 헤도라를 물리치기 위해 끝까지 고군분투하며, 인간들에게 경고의 메시지를 전한다.