‘키라’와 ‘L’의 죽음 10년 후, 지구 곳곳에서는 이유를 알 수 없는 죽음이 번져가기 시작한다. 사라진 ‘데스노트’와 연관이 있음을 직감한 일본 경시청은 데스노트 특별수사 대책 본부를 세우고, 데스노트를 이용한 범죄와의 전면전을 선포한다. 그러던 중 일본 도쿄 한복판에서 많은 사람들이 동시다발적으로 사망하는 사건이 발생한다. 그와 동시에 의문의 해커로부터 자신이 키라라는 바이러스 메시지가 퍼지면서, 여섯 권의 데스노트가 다시 나타났음을 알게 된다.